La Procura c.d. “ordinaria” viene ripartita in cinque settori di affari, denominati Dipartimenti, a cui si aggiungono il settore della esecuzione penale (cui sono preposti in via esclusiva i Procuratori Aggiunti, secondo una turnazione mensile), il settore delle demolizioni e l’Ufficio di collaborazione del procuratore della Repubblica, nel quale sono inseriti i VPO e l’Ufficio Studi e Documentazione.
I cinque Dipartimenti vengono modulati in modo da favorire la specializzazione dei magistrati a ciascuno di essi assegnati. Si tratta, infatti, di specifici settori di affari caratterizzati da omogeneità delle tipologie di reato e/o da affinità di materia ovvero dei beni o interessi protetti, che necessitano di uniforme indirizzo e peculiari competenze tecnico-giuridiche.